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基于IBS算法预测亲缘关系准确性研究

Accuracy Research on The Kinship Relationship Prediction by IBS Algorithm

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摘要目的评估基于状态一致性(identity-by-state,IBS)算法预测个体间亲缘关系的准确性.方法采用Illumina GSA芯片对253份样本进行全基因组检测,基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据计算两两个体间IBS共享统计量预测亲缘关系.通过不同条件参数筛选SNP,评估位点数对算法预测准确性的影响.结果 1～4级亲缘关系预测准确率高达99％,预测误差在1级以内且无假阳性.SNP数量减少对预测准确率无显著影响,即使在较低密度的SNP标记中,该算法也能获得较高的准确率.结论 IBS算法是法医系谱推断的有效方法,且对于微量降解的法医现场检材具有很好的应用价值.

作者管珊珊 ^[1] 张文杰 ^[1] 魏以梁 ^[2] 李鹰翔 ^[3] 赵雯婷 ^[4] 范虹 ^[5] 刘京 ^[6] 学术成果认领

作者单位陕西师范大学计算机科学学院,西安710119;公安部物证鉴定中心,北京100038 ^[1] 江苏师范大学,徐州221116 ^[2] 安澜智能(深圳)有限公司,深圳510630 ^[3] 公安部物证鉴定中心,北京100038 ^[4] 陕西师范大学计算机科学学院,西安710119 ^[5] 公安部物证鉴定中心,北京100038;中国政法大学,证据科学教育部重点实验室,北京100088 ^[6]

关键词 IBS算法单核苷酸多态性状态一致性亲缘关系等级法医遗传学法医系谱推断

分类号 R89（法医学）Q812（基因工程《遗传工程》）

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研究报告

DOI 10.16476/j.pibb.2021.0107

发布时间 2022-04-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

基金项目

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