换一批新型冠状病毒Omicron RdRp的变异分析及其活性反应体系构建
Variation Analysis of SARS-CoV-2 Omicron RdRp and Construction of its Active Reaction System
摘要RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)在新型冠状病毒——严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)复制中发挥重要作用,是主要的抗病毒靶点.RdRp的功能严格依赖其空间结构,而关键氨基酸位点的突变可能导致空间结构和功能的改变.为了探究对SARS-CoV-2原型株有效的RdRp抑制剂是否对Omicron变异株仍存在抑制效果,对我国近两年流行的Omicron变异株的913个RdRp优质序列进行多序列比对.与原型株相比,这些Omicron变异株的RdRp序列既存在同义突变又存在错义突变.在错义突变中,除少数低频突变位点外,44%为P323L,34%为P323L和G671S双重突变,12%为P323L、G671S和D63N三重突变,分别将包含这3类突变的Omicron RdRp归为1_RdRp、2_RdRp和3_RdRp.利用AlphaFold2构建这3类RdRp的蛋白质结构模型,并通过PyMOL将Omicron与原型株的RdRp结构进行叠合比对,结果显示3类蛋白质3D结构均与原型株的RdRp(6M71_RdRp)高度重叠,提示突变未对RdRp的空间结构产生显著影响.在此基础上,将3种Omicron RdRp蛋白模型分别与4种已报道的RdRp抑制剂对接,结果显示这4种抑制剂依然能稳定结合在各Omicron RdRp模型的活性中心,提示RdRp是一个长期有效的靶标.基于此,构建的细胞外RdRp酶活反应和检测体系将有助于靶向RdRp的抗病毒药物的评价或筛选.
更多相关知识
栏目名称
DOI
10.19586/j.2095-2341.2024.0092
发布时间
2025-01-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
北京市自然科学基金资助项目（M22032）
- 浏览3
- 被引1
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
