换一批宏基因组靶向测序分析皮肤表面微生物群落方法优化
Optimization of Method for Analyzing Microbial Community on Human Skin by Targeted Sequencing of Metagenomics
摘要通过实验设计和数据分析，筛选出尽可能真实反映含量较低的皮肤微生物群落的高通量测序分析方法。使用多因素多水平完全随机实验设计，分析 DNA 提取、PCR 扩增、样品采集、测序过程中各种实验因素对微生物群落组成特征分析结果的影响。结果显示，在样品采集方面，筛选出了最佳的采集拭子与采集液体；在 DNA 提取方面，筛选出了最佳的前处理方法及试剂盒种类；在 PCR 反应方面，筛选出了最佳的模板浓度及退火温度；在测序方面，筛选出了合适的测序深度。通过一系列的实验条件筛选，确定了适合分析低含量细菌群落结构组成特征的方法，并成功地应用于人类手掌面皮肤。
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关键词
皮肤表面微生物群落宏基因组靶向测序16S rRNA 基因microbial community on human skintargeted sequencing of metagenomics16S rRNA gene
栏目名称
DOI
10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.11.016
发布时间
2016-11-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
北京市科技新星计划交叉学科合作项目（xxhz201510）
上海市刑事科学技术研究院现场物证重点实验室开放基金（2014XCWZK14）
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