换一批球花石斛(Dendrobium thyrsiflorum)叶绿体基因组特征及亲缘关系解析
Characteristics of the Complete Chloroplast Genome of Dendrobium thyrsiflorum and Its Phylogenetic Relationship Analysis
摘要球花石斛(Dendrobium thyrsiflorum)主要分布在我国云南地区,是非常重要的传统中药材及观赏花卉.本研究整合二代、三代测序数据,从头组装了球花石斛的完整叶绿体基因组.球花石斛叶绿体基因组全长151686 bp,为典型的四分结构,包含106个unigenes,其中编码基因71个,tRNA 31个,rRNA 4个.球花石斛叶绿体基因组检测到58个SSR(simple sequence repeat)位点,以单碱基重复A/T类型为主.密码子偏好性分析显示,亮氨酸为使用频率最高的氨基酸(10.15％),具有偏好性的密码子有31个,且绝大多数偏好性密码子以A/U结尾.通过共有编码基因序列(coding sequence,CDs)对27种石斛进行系统进化分析,将所选石斛分为9大类群,其中球花石斛与霍山石斛亲缘关系密切.本研究结果阐明了球花石斛的叶绿体基因组特征,为其资源筛选、鉴定,遗传多样性分析提供分子依据.
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