烟草种质基因分型核心SNP标记的开发

Development Core SNP Markers for Tobacco Germplasm Genotyping

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摘要基于KASP(kompetitive allele specific PCR)技术平台,开发并验证可用于烟草核心种质基因分型的SNP(single nucleotide polymorphism)标记和对应检测引物,为烟草种质基因型鉴定评价、遗传多样性分析、核心种质筛选等提供技术和数据支持.利用Python和Perl脚本程序对覆盖烟草全基因组的 1179154 个SNP位点进行KASP引物设计和筛选,并通过试验验证其准确度和可用性.结果共有 217621 个SNP位点完成了对应KASP引物设计,选择 1378 个SNP位点进行试验验证,明确了 732 个可作为SNP标记,并确定 48 个SNP标记作为烟草种质资源基因分型的核心标记.这 48 个核心标记在烟草 24 条染色体上平均分布,平均PIC为 0.36,平均MAF为 0.39.利用确定的 48 个核心SNP标记,可以将各供试种质特别是将当前主栽烟草品种基因型进行区分,且标记具有极高的可靠性.

作者 余世洲 ^[1] 曹领改 ^[1] 王世泽 ^[2] 刘勇 ^[3] 边文杰 ^[4] 任学良 ^[1] 学术成果认领

作者单位 贵州省烟草科学研究院,贵阳 550081 ^[1] 贵州省烟草科学研究院,贵阳 550081;河北科技师范学院,秦皇岛 066004 ^[2] 贵州省烟草科学研究院,贵阳 550081;河南农业大学,郑州 450002 ^[3] 安徽中烟工业有限责任公司,合肥 230088 ^[4]

关键词烟草种质资源单核苷酸多态性竞争性等位基因特异性PCR

栏目名称 技术与方法

DOI 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2022-0810

发布时间 2023-04-23

基金项目

中国烟草总公司烟草基因组计划与生物育种重大科技项目 中国烟草总公司贵州省公司重点研发项目