换一批基于BSA-seq和RNA-seq挖掘水稻株高相关QTL
Identification of Rice Plant Height-associated QTL Using BSA-seq and RNA-seq
摘要株高是影响水稻产量稳定性的重要因素之一,水稻株高相关QTL的定位及候选基因的挖掘,有助于深入了解株高分子调控机制,进而为培育理想株型的水稻品种奠定基础.以油占 8 号及广西野生稻为亲本构建的 285 个CSSL群体为试验对象,结合NGS与BSA-seq等方法,利用SNP和InDel 两种分子标记进行关联分析,对可能与株高相关的基因组区段进行定位.结果显示,Δ(SNP-index)分子标记在Chr.7 和Chr.10 中分别关联到 3.205 和 1.311 Mb大小的候选基因组区域.Δ(InDel-index)标记关联到的基因组区域大小分别为 2.848 和 1.292 Mb,且全部包含于Δ(SNP-index)关联到的区间内.结合GO、KEGG、Uniprot、eggNOG等数据库中的功能注释、高质量多态性位点筛选以及已有的株高相关转录组数据,最终关联到Chr.7 中的 5 个候选基因,包括功能和机理已知的OsTCP21.RT-qPCR结果显示,OsTCP21 在高株和矮株中的表达差异与已有研究结果相一致,LOC_Os07g05050 和LOC_Os07g02850 在高株中表达量较高,LOC_Os07g04220 和LOC_Os07g02770 在矮株中表达量较高.这 5 个候选基因在水稻株高性状的调控中起重要的作用,OsTCP21是一个关键调控基因.
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DOI
10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-0386
发布时间
2023-09-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
海南省自然科学基金项目（2021JJLH0075）
国际(地区)合作与交流项目（32261143465）
海南省重点研发项目（ZDYF2022XDNY260）
国家自然科学基金（31970237）
辽宁省自然科学基金面上项目（2022-MS-309）
沈阳师范大学百人计划拔尖人才项目（SSDBRJH2002012）
沈阳师范大学重大项目（ZD202104）
省级大学生创新创业训练计划资助项目（S202310166005）
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