换一批肌源性细胞分化的单细胞转录谱变化及细胞间通讯分析
Change of Single-cell Transcription Profile and Analysis of Intercellular Communication in Myogenic Cell Differentiation
摘要[目的]基于单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)揭示牛肌源性细胞分化中的基因表达谱变化,并探究介导细胞间通讯的配体-受体互作机制,为构建成肌分化的动态调控网络奠定基础.[方法]利用Seurat、ClusterProfiler、STRING、Cytoscape、CellChatDB和Monocle2 等数据库或软件,对NCBI-GEO公共数据库中牛肌源性细胞单细胞转录组测序的原始数据进行了深入分析,包括细胞分群鉴定及差异基因表达谱、相关性、GO富集、PPI、细胞间通讯和拟时序分析等.[结果]根据基因表达相关性及标志性基因共鉴定出 4 个具有独特转录特征的细胞群Myoblasts、Myocytes、Fibroblasts和FAPs,通过Myoblasts亚群的基因表达谱比较及拟时序分化轨迹分析发现,各亚群之间异质性很强,其中Myoblasts_1 为分化轨迹起点,Myoblasts_0和 3 处于分化早期阶段,而Myoblasts_2 是肌肉特征表现最为明显的亚群,可能是临近形成Myocytes的后期阶段的Myoblasts;Myoblasts_2 和Myocytes差异基因富集的肌肉相关GO term存在差异,各基因间存在复杂的蛋白互作关系;Myoblasts_0-5、Myocytes、Fibroblasts和FAPs同型或异型细胞间的通讯机制,涉及到PTN-NCL、IGF2-IGF2R和ANGPTL2-(ITGA5+ITGB1)等多种不同的配体-受体作用.[结论]肌源性细胞在分化过程中存在不断变化的基因表达谱和细胞间通讯,反映了复杂的动态异质性及分子调控机制.
更多相关知识
关键词
牛肌源性细胞单细胞转录组测序细胞亚群异质性基因表达谱细胞间通讯bovine myogenic cellsscRNA-seqcell subclusterheterogeneitygene expression profileintercellular communication
栏目名称
DOI
10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1005
发布时间
2024-07-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（32272964）
国家自然科学基金（31872438）
山西省基础研究计划(自由探索类)自然科学研究面上项目（20210302123394）
山西省回国留学人员科研资助项目（2022-102）
:山西省留学回国人员科技活动择优资助项目
山西农业大学中青年拔尖创新人才支持计划（BJRC201204）
山西农业大学横向科技项目（2015HX12）
- 浏览19
- 被引0
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
