摘要[目的]比较两种植区易感病品种'宁杞 5 号'枸杞健康株和患病株的根表真菌群落组成和分离到的腐根真菌,明确'宁杞 5 号'根腐病的病原菌,探究两种植区'宁杞 5 号'根腐病的发生原因.[方法]采用高通量测序技术研究枸杞根表真菌群落的组成特征,采用组织分离法从两种植区枸杞腐根中分离腐根真菌,基于形态学和ITS、EF-1α基因序列对腐根真菌进行分类学鉴定,依据科赫法则进行致病性研究.[结果]两种植区'宁杞 5 号'枸杞健康株和患病株之间的根表真菌群落组成均表现出明显差异,主要体现在患病后镰刀菌属(Fusarium)相对丰度升高,被孢霉属(Mortierella)相对丰度降低,伴随着Fusicolla和Pseudogymnoascus等未知类群丰度增加,而两种植区健康株根表真菌群落结构趋于一致.自QXBZ腐根分离到 36 株真菌,分别鉴定为尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)、腐皮镰刀菌(F.solani)、红贝俄式孔菌(Earliella scabrosa)、立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)和Penicillium pimiteouiense,自QTBZ腐根分离 29 株真菌,分别鉴定为尖孢镰刀菌、腐皮镰刀菌、红贝俄式孔菌、粉红黏帚菌(Clonostachys rosea)、P.pimiteouiense、新知镰刀菌(F.andiyazi)、桃色顶孢霉(Acremonium persicinum),其中腐皮镰刀菌的分离频率在两种植区均为最高,尖孢镰刀菌次之.回接实验确定腐皮镰刀菌、尖孢镰刀菌、新知镰刀菌和立枯丝核菌是'宁杞 5 号'枸杞根腐病的病原菌,其中新知镰刀菌为新发现的枸杞根腐病病原菌.[结论]'宁杞 5 号'根腐病发生主要与根表真菌群落结构改变以及病原菌种类密切相关,与种植区关系不大,F.solani、F.oxysporum、F.andiyazi和R.solani是'宁杞 5 号'根腐病的病原菌.