换一批中国南瓜bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析
Identification and Bioinformatics Analysis of the bHLH Transcription Factor Family in Cucurbita moschata Duch.
摘要[目的]基于中国南瓜全基因组数据,鉴定中国南瓜bHLH转录因子家族成员并分析其理化性质和结构等,为中国南瓜bHLH转录因子家族的生物学功能研究提供理论支撑.[方法]利用NCBI和中国南瓜基因组数据库等对中国南瓜bHLH基因家族进行鉴定,利用ExPASy ProtParam tool、DNAMAN和MAGA5.1等软件进行基本理化性质、系统进化、保守基序、启动子作用元件和表达模式等生物信息学分析.[结果]在中国南瓜全基因组中共鉴定出153个CmobHLHs基因,不均等地分布在20条染色体上.CmobHLH蛋白质含有91-897个氨基酸,理论等电点介于4.77-10.33;亚细胞定位预测表明有139个CmobHLH蛋白位于细胞核;系统进化分析将CmobHLH蛋白分为8个亚家族;保守基序(motif)预测结果表明,中国南瓜共含10条motif,其中motif1和motif2普遍存在于153个bHLH蛋白中.CmobHLHs在中国南瓜的各个部位均有表达,CmobHLH41、CmobHLH5、CmobHLH36和CmobHLH88分别在果实、叶片、茎和根中表达量最高;盐胁迫下,100个CmobHLHs基因表达量上调,49个CmobHLHs基因表达量下调.RT-qPCR结果表明盐胁迫下CmobHLH52和CmobHLH148基因表达量显著上调,而CmobHLH8、CmobHLH83、CmobHLH93和CmobHLH115基因表达量显著下调,与转录组结果基本一致.[结论]鉴定出153个CmobHLHs基因,家族成员在不同部位和盐胁迫下的表达模式存在差异,为挖掘南瓜bHLH转录因子在抗盐等方面的功能提供理论基础.
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关键词
中国南瓜bHLH理化性质系统进化树组织表达模式盐胁迫表达模式Cucurbita moschatabHLHphysical and chemical propertiessystematic evolutionary treeorganizational expression patternexpression pattern under salt stress
栏目名称
DOI
10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0606
发布时间
2025-03-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
山西省重点研发计划项目（202102140601013）
山西省基础研究计划青年科学研究项目（20210302124242）
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