换一批
换一批摘要目的:研究在交联状态下超声方法处理DNA是否导致DNA随机断裂.方法:通过建立一种新的Clone-Sequencing筛选技术,利用NCBI等相关网站,结合Vector-NTI等软件分析得到不同断裂位点的核苷酸序列,利用SPSS 18.0软件,对不同断裂位点核苷酸序列的分布进行统计学分析.结果:利用Clone-Sequencing技术得到216个来源于不同染色体位置的克隆片段,通过对其正义链和反义链的5'-DNA断裂末端的分析,得到432个超声断裂位点的核苷酸序列信息.对断裂位点核苷酸序列进行统计分析发现,超声处理后,交联DNA的断裂位点并不像过去认为的完全随机分布,而是存在明显的偏性,即对于所有16种不同的二核苷酸组合,超声处理导致交联DNA更易在5'-ApN-3'寡核苷酸中间的磷酸二醋健处断裂,且其相对断裂频率呈现d(ApN＞＞d(GpN)＞d(CpN)＞d(TpN)的趋势.结论:传统的超声方法处理,交联 DNA断裂位点并不是完全随机分布,而是存在着明显的序列偏好性,这一新发现提示,对于目前广泛使用的、涉及交联DNA超声处理的ChIP-Chip或ChIP-Seq等高通量及其衍生技术结果的统计分析,需要引入更加合理有效的分析策略.
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分类号
Q75
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1009-0002.2011.04.012
发布时间
2011-11-01
基金项目
国家重点基础研究发展计划（2009CB825600）；
国家自然科学基金（30871374;31071119）
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