换一批短杆菌肽A-DMPC通道内离子输运的分子动力学模拟
MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS OF THE ION TRASPORTATION IN THE GRAMICIDIN A-DMPC CHANNEL
摘要用最近提出的构建膜体系初始构象的有效方法,构建了在DMPC脂膜环境下短杆菌肽A通道模型(GA-DMPC).通过对Na+、Ca2+、Cl-三种不同离子在GA-DMPC通道内不同位置的分子动力学模拟,研究离子在通道内输运过程中与通道及通道内水分子的相互作用,从分子动力学的角度阐明离子在通道内的输运机制.主要计算结果表明:(1)离子在通道内的输运使GA的构象发生变化,GA的柔性是离子在通道内通透的重要因素;(2)Cl-离子可扩大通道半径,Na+离子和Ca2+离子则减小通道半径.Cl-离子不能在GA通道内通透;(3)离子的出现使通道内水分子的偶极方向发生变化.上述结果均与实验相符.
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分类号
Q61（理论生物物理学）
栏目名称
DOI
10.3321/j.issn:1000-6737.2000.03.020
发布时间
2004-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
中国科学院项目（非规范项目）（39670187）
北京市自然科学基金（5992002）
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