换一批摘要G蛋白偶联受体是非常重要的信号分子受体,其功能失调会导致许多疾病的产生.在前期工作的基础上,作者将序列特征分析与支持向量机技术结合起来,通过分析序列的特征差异,对G蛋白偶联受体分子及其类型进行识别.首次提取了G蛋白偶联受体对应的mRNA序列的绝对密码子使用频率作为特征,这主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息.结果显示:在G蛋白偶联受体序列及其类型预测的问题中,设计支持向量机分类器时,最好选择使用包含基因序列绝对密码子使用频率和蛋白序列双联氨基酸使用频率两部分信息的组合特征作为特征,同时采用径向基核作为核函数.
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关键词
G蛋白偶联受体支持向量机绝对密码子使用频率G-protein coupled receptor (GPCR)Support vector machine (SVM)Codon use frequency (FCU)
分类号
Q516（蛋白质）
栏目名称
发布时间
2010-04-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
南京邮电大学科研启动基金（NY209027）
南京邮电大学"青蓝工程"项目（NY206060）
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