换一批人类1号染色体DNA序列8-mer的相对模体数分布及8-mer使用的进化分离
Distributions of 8-mer Frequency of Appearence and the Evolution Diversity of 8-mer Usage in DNA Sequences of Human Chromosome 1
摘要以人类1号染色体DNA序列为样本,分别计算了CDS、5'UTR、3'UTR、内含子和基因间五类序列中8-mer出现的频数,并得到8-mer相对模体数随频数的分布.发现内含子和基因间序列是明显的三峰分布,CDS是单峰分布,5'UTR和3'UTR是近似单峰分布.为了揭示这些分布出现差异的原因,将8-mer集合按照8-mer中包含两个或两个以上某二核苷酸(XY2)、包含一个某二核苷酸(XY1)和包含0个某二核苷酸(XY0)进行分类.发现16种分类中,只有CGj分类的三个子集分别形成独立的单峰分布.表明DNA序列是由三类CGj子集组成的,它们出现的频数是独立进化的结果;实际的8-mer频数分布是这三个CGj频数分布的叠加;由于这三个分布的距离不同,才造成了五类序列中8-mer分布的差异.对五类序列CGj三个子集中二核苷酸和三核苷酸出现的相对频数进行分析,发现CG2模体的相对频数在五类序列中基本相同,CG1模体的相对频数可将五类序列明显区分,CG0模体的相对频数可将编码序列和非编码序列明显区分.总之,CGj模体集合在DNA序列的组成上具有特定的规律性,在DNA序列进化上扮演了重要的角色.
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关键词
人类DNA序列8-mer频数三峰分布CG二核苷酸DNA序列进化Human DNA sequence 8-mer frequency 3-peak distribution CG dinucleotide DNA evolution
栏目名称
DOI
10.3724/SP.J.1260.2015.40050
发布时间
2015-05-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金项目（(31260219)）
教育部博士点博导基金项目（(20121501110006)）
This work was supported by grants from the National Natural Science Foundation of China （(31260219)）
the Research Fund for the Doctoral Program of Higher Education （(20121501110006)）
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