换一批摘要蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容.双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型.选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM).将Astral1.65中序列一致性小于95%的9 505个样本作为检验集,整体识别敏感性为 93.9%,特异性为82.1%,MCC值为0.876.结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,分类建模可以实现较高准确率的识别.
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关键词
双绕蛋白质RMSD系统聚类隐马尔科夫模型折叠类型识别Rossmann-fold protein,RMSDhierarchical clusteringprofile-HMMfold recognition
分类号
Q523（核酸）
DOI
10.3969/j.issn.1672-5565.2010.01.001
发布时间
2010-04-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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