换一批新型图形硬件支持下的动态规划局部比对算法加速研究
Research of dynamic programming local alignment algorithm acceleration based on a new type of graphics hardware
摘要为探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列局部比对方法。将点阵图算法、启发式算法等各种序列局部比对算法中准确性最高的动态规划局部比对算法在计算机中实现，并通过流式模型将其映射到图形硬件上以实现算法加速，再通过实例比对搜索数据库完成比对时间和每秒百万次格点更新（ MCUPS）性能值评测。结果表明，该加速算法在保证比对准确性的同时，能显著提升比对速度。与目前最快的启发式算法相比，比对平均加速为14．5倍，最高加速可达22．9倍。
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关键词
生物分子序列局部比对动态规划局部比对算法图形硬件Biological macromoleculeSequence local alignmentDynamic programming local alignment algorithmGraphics hardware
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1672-5565.2014.03.05
发布时间
2014-09-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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