换一批用于寡核苷酸二级结构预测的热力学数据库研究进展
Research progress of the thermodynamic database for oligonucleotide secondary structure prediction
摘要基于核酸分子杂交的生物技术（如PCR）在病原微生物检测、临床诊断等诸多领域中应用广泛，此类技术的可靠性在于寡核苷酸分子与其靶点结合的高稳定性与特异性，而精确预测寡核苷酸与靶分子结合的二级结构是分析其稳定性与特异性的关键。其中，基于热力学的最近邻模型是寡核苷酸二级结构预测最为可靠的计算方法，但其精确性强烈依赖于精确的热力学参数。由于寡核苷酸分子二级结构的复杂性，除了完美匹配外，还需要错配、内环、膨胀环、末端摇摆、CNG重复、GU摆动等特殊结构的热力学数据。本文综述了近年来用于寡核苷酸二级结构预测的有效热力学数据库及相关计算方法，并指出当前热力学数据库的局限及未来发展方向。
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关键词
寡核苷酸二级结构热力学数据库热力学计算Oligonucleotide secondary structureThermodynamic databaseThermodynamic calculation
分类号
Q522（核酸）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1672-5565.2014.03.08
发布时间
2014-09-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（30900862）
国家自然科学基金（30973107）
国家自然科学基金（81070741）
国家自然科学基金（81172770）
国家自然科学基金（31371345）
国家重点基础研究发展计划（973计划）（2012CB518200）
国家重点实验室自主研究项目（SKLP-O201104）
国家重点实验室自主研究项目（SKLP-K201004）
国家重点实验室自主研究项目（SKLP-O201002）
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