换一批
换一批鸡基因组差异表达基因翻译起始密码子上下游序列的比较研究
Comparison of the sequences around the translation initiation codon between differentially expressed genes in chicken
摘要翻译起始调控是基因表达调控的一个关键步骤之一。本文以鸡为研究材料,比较研究了鸡基因组高表达基因和低表达基因翻译起始密码子上下游的碱基序列差异,旨在寻找影响鸡基因表达水平的特异性调控位点。全部3020个单剪接基因完整的mRNA序列及有详细注释的5′UTRs序列从Ensembl下载。编写计算机程序,读取每个基因mRNA起始密码子上下游各位点的碱基。研究发现,起始密码子上游-3、-2位点可能是鸡基因组基因表达起始密码子正确识别的关键位点。起始密码子上下游的碱基组成分析发现,高表达基因和低表达基因起始密码子的上游均倾向使用( G+C),高表达基因的使用偏倚尤为强烈。序列差异比较发现,高表达基因在-9、-6、-3、+4位点显著偏向G,在-1、-2、-4、-5位点显著偏向C。低表达基因起始密码子上游使用A、U的频率显著高于低表达基因。在-19位点强烈偏向A,在+1、+11、+14位点强烈偏向U。
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