换一批摘要GenoCAD（ www．genocad．com）是一种基于Web的免费合成生物学设计软件，用它可以进行表达载体及人工基因网络设计。持续点击代表各种合成生物学标准“零件”的图标，以一种语法进行设计，最后就可以得到由数十个功能片段组成的复杂质粒载体。但是在GenoCAD中，每一类的合成生物学标准“零件”数量众多。随着这些标准“零件”的不断开发，其数量也在进一步增加，目前选择合适的“零件”组装成功能性的质粒载体费时费力并且容易发生错误。在进行载体设计的最后阶段，从众多的“零件”中选择合适的往往比较困难。为解决这一问题，本文采用了自然语言处理的统计语言模型，它最初用于自然语言识别，用来估算一组词串成为一个正确语句的概率的大小。本文最后以该模型为基础应用动态规划算法优化质粒载体设计，从众多的选项中找出最优者。利用这一方法可以减少进行生物学实验的冗余操作，从而减少载体构建过程中的花费。
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关键词
合成生物学统计语言模型动态规划算法生物学“零件”GenoCADSynthetic biologyStatistical language modelDynamic programmingBioBrickGenoCAD
分类号
Q291（细胞分子生物学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1672-5565.2016.03.08
发布时间
2016-11-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金项目（( No．61173113)）
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