换一批
换一批多目标遗传算法的含假结RNA二级结构预测
Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots based on multi?objective genetic algorithm
摘要假结是RNA中一种重要的结构,由于建模的困难导致它更难被预测.通过碱基之间的配对概率来预测含假结RNA二级结构的ProbKnot算法具有很高的精度,但该算法仅用了配对概率作为预测依据,导致阴性配对大量出现,因此精度中的特异性较低.实验结合ProbKnot算法中碱基配对概率模型,通过使用多目标遗传算法,从而提高预测含假结RNA二级结构的特异性,以此促进总体精度的提高.实验过程中,首先计算出每个碱基成为单链的概率,作为新增的预测依据,然后使用遗传算法对RNA二级结构进行交叉、变异和迭代,最后得到Pareto最优解,进一步得出最高的最大期望精度.实验结果表明,在使用的RNA案例中,采用该方法比现有方法精度平均提高约4%.
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关键词
RNA二级结构假结多目标优化遗传算法最大期望精度RNA secondary structurePseudoknotMulti?objective optimizationGenetic algorithmMaximum expected accuracy
分类号
TP391
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1672-5565.201701006
发布时间
2017-11-16
基金项目
国家自然科学基金（61170125）
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