换一批
换一批Phred/Phrap/Consed/Polyphred:类Unix平台的测序数据管理和SNP识别软件包
Phred/Phrap/Consed/Polyphred: a software package for sequencing data management and SNP detection on Unix?like platform
摘要尽管二代基因组测序技术日渐流行,Sanger测序依旧是SNP识别和分析的金标准.传统对于Sanger测序结果的分析多依赖SeqMan等软件进行.然而这类软件大多依靠人工操作来识别和记录测序结果中的SNP位点,效率低下且容易发生错误.此外,当对多个个体进行序列测定时,这类软件无法完成对群体数据的管理和输出,给研究人员造成了一定的不便.Phred/Phrap/Consed/Polyphred是华盛顿大学开发的基于类Unix平台的软件包,在大规模测序数据的管理和SNP自动识别、标记与输出方面具有强大的功能.然而,由于其安装和使用较为复杂,在国内较少使用.本研究对该软件包的功能、使用流程、特点等进行了介绍,并将其安装于Ubuntu12.04操作系统并置于VMware虚拟机中,方便遗传学者的下载和使用.
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关键词
polyphred类Unix平台测序数据管理SNP识别软件包PolyphredUnix?like platformSequencing data managementSNP detectionSoftware package
分类号
Q31
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1672-5565.20161215001
发布时间
2017-11-16
基金项目
国家自然科学基金（31260266）
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