换一批
换一批基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息
Automatic or batch acquisition of taxonomic information in NCBI based on Perl scripts
摘要根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错.本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息.通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息.本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考.
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分类号
Q343.1
栏目名称
研究论文
DOI
10.12113/j.issn.1672-5565.201802002
发布时间
2018-10-15
基金项目
国家自然科学基金资助项目
江西省自然科学基金资助项目
江西中医药大学2017年校级大学生创新创业训练计划项目
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