换一批摘要基于局部序列相似性比对的数据库搜索系统BLAST是生物信息学领域常用工具之一.本文首先介绍数据库相似性搜索的基本概念,包括计分矩阵、空位罚分,以及灵敏度和特异度等;以血红蛋白alpha和beta亚基为例,说明BLAST搜索基本策略,包括分割种子串、确定近邻串、搜索高分对、延伸高分对、计算期望值等.讨论种子序列字长、计分矩阵、空位罚分等对搜索结果的影响.介绍blastp,blastx,blastn和tblastn四个BLAST通用程序,以及SmartBlast,Primer-Blast和Global Align等专用程序.文末简述BLAST主要用途,列举几个国际国内BLAST网站,介绍FASTA,BLAT,HMMER等其它数据库搜索程序.
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关键词
序列相似性数据库搜索BLAST搜索策略计分矩阵空位罚分BLAST通用程序BLAST专用程序Sequence similarityDatabase searchBLAST search strategyScoring matrixGap penaltyBLAST routine programsBLAST special programs
分类号
TP392
栏目名称
DOI
10.12113/202411002
发布时间
2025-10-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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