换一批基于Linux系统构建lncRNA-seq生物信息学本地分析平台
Construction of localized lncRNA-seq bioinformatics analysis platform based on the Linux system
摘要长非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200 nt、缺乏蛋白质编码能力的RNA分子,可通过与mRNA、蛋白质和miRNA等分子相互作用从而以多种形式在不同水平调控基因表达.近年来,lncRNA在人类疾病发生发展、动物生长发育和植物应对环境胁迫等方面的研究一直是国内外研究热点和持续关注的焦点.目前,关于人类、动植物lncRNA的研究主要采用lncRNA测序(lncRNA-sequencing,lncRNA-seq)的方法.lncRNA-seq数据的分析依赖众多软件,且大部分是在Linux系统通过命令行的方式运行,对于大多数研究者开展数据分析可能存在困难.因此,文中在调研现有的ln-cRNA-seq数据分析流程的基础上,基于Linux系统构建lncRNA-seq本地分析平台,平台主要包括以下几个步骤:首先采用trimmomatic对原始测序数据进行质量控制,使用软件Hisat2 和StringTie进行序列的比对、组装,通过Salmon软件进行转录本的定量,结合CPC2、CNCI、Pfam 和PLEK对新的转录本进行编码能力预测.另外,以 2 组马铃薯测序数据为例详细介绍数据分析过程,以便同领域研究者在服务器上构建本地化分析平台、灵活地开展数据分析.
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