换一批碱性条件下yybP核糖开关结合Mn2+的构象分析
Conformational analysis of the yybP riboswitch binding to Mn2+under alkaline conditions
摘要yybP-ykoY家族是细菌中常见的核糖开关类型,对Mn2+浓度具有高度敏感的监测能力.在大肠杆菌alx基因5'-UTR区含有一个包含yybP核糖开关保守序列的pH响应元件.根据结构预测,其与已知在乳酸乳球菌中位于yoaB基因上游的核糖开关结构类似,推测Mn2+结合位点可能也位于L1、L3环.然而,目前大肠杆菌yybP核糖开关适体域的研究集中在静态解析上,对其在不同pH条件下结合Mn2+产生的构象变化尚不明确.通过运用SHAPE化学探测法对yybP核糖开关适体域在不同pH(pH 6.0、7.0和8.0)条件下与Mn2+结合前后的构象差异进行分析.结果证实了 Mn2+结合位点位于L1和L3环处,并且在改变pH后,yybP核糖开关与Mn2+仍能结合;此外,在pH 8.0条件下,yybP核糖开关的P1、P2整体核酸骨架折叠成紧凑的双螺旋结构.综上结果表明,yybP核糖开关在碱性条件下与Mn2+结合后使其结构更加稳定,推测其有利于yybP核糖开关下游alx基因的调节,为后续研究该核糖开关的作用机制提供理论依据.
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