换一批摘要目的 利用生物信息学方法及网页统计工具筛选与乳腺癌的发病相关的枢纽基因(hub基因),并且联合蛋白数据库等多数据库比对,进一步分析生物学功能及与预后的相关性.方法 从GEO数据库中下载得到2个表达谱芯片数据集,利用在线工具GE02R比对数据集中正常组织与乳腺癌组织的差异表达基因(DEG),使用DAVID在线数据库对差异基因进行功能富集分析和通路注释,后使用网页工具STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络并用其筛选出hub基因,最后结合Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的hub基因进行进一步分析和验证.结果 共选取出127个DEG,其中有36个表达上调,91个表达下调.后使用Cytoscape软件中插件cytoHubba再次筛选得出AURKA、CDK1、PCNA、TOP2A、HMMR、RRM2、PRC1、MCM4、GINS2、SMC4等10个基因确定为hub基因.Kaplan-Meier plotter数据库生存分析验证显示除CDK1、SMC4外,其他基因的差异表达均与乳腺癌患者的总生存率(OS)相关.结论 最后筛选出hub基因的与乳腺癌的发生及预后有密切关系,可进一步探究验证作为乳腺癌的潜在的预测指标和治疗靶点.
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10.13339/j.cnki.sglc.20200623.013
发布时间
2020-08-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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