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胆管癌中m7G甲基化调节因子相关预后风险模型的构建及临床意义

Construction and clinical significance of prognostic risk model related to m7G methylation regulatory factors in cholangiocarcinoma

摘要目的 表观遗传重编程在胆管癌(CCA)进展中起关键作用,m7G甲基化修饰是转录后调控中最常见的碱基修饰形式之一,其通过调节肿瘤相关基因的表达在增殖、侵袭和转移等多种肿瘤相关的生物学活动中发挥着巨大作用.实验研究是探索m7G甲基化调节因子构建的相关修饰模式及其对CCA临床预后及治疗效果的评估.方法 分析基于癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中27个m7G甲基化调节因子[Argonaute2蛋白(AGO2),细胞质脆性X智力迟钝蛋白1(FMR1)相关蛋白1(CYFIPI),脱帽mRNA2(DCP2)、清道夫脱帽酶(DCPS),真核翻译起始因子3(EIF3)亚基D(EIF3D),真核翻译起始因子4A1(EIF4A1),真核翻译起始因子4E(EIF4E),真核翻译起始因子4E家族成员1B(EIF4E1B),真核翻译起始因子4E家族成员2(EIF4E2),真核翻译起始因子4E家族成员3(EIF4E3),真核翻译起始因子4伽玛3(EIF4G3),宝石核细胞器相关蛋白5(GEMIN5),干扰素诱导蛋白5(IFIT5),La核糖核蛋白1(LARP1),Sm 样蛋白(LSM1),甲基转移酶 1(METTL1),核帽结合蛋白(NCBP)1,NCBP2,NCBP2 样蛋白(NCBP2L),NOP2/Sun RNA甲基转移酶家族成员2(NSUN2),Nudix水解酶(NUDT)10,NUDT3,NUDT4,营养素1(SNUPN),WD重复结构域4(WDR4)]的表达水平,利用CCA患者临床数据进行生存分析.对所有患者数据进行共识聚类分析并筛选预后相关的差异表达基因(DEG),为了检测m7G甲基化调节因子及其DEG的影响进行共识聚类分析,进一步建立m7G甲基化评分系统,评估m7G甲基化评分与CCA患者预后的相关性.结果 约48%(12/25)的m7G甲基化调节因子DNA拷贝数增加,其中AGO2的拷贝数增加程度最高;约56%(14/25)的m7G甲基化调节因子DNA拷贝数减少,其中EIF4G3的拷贝数减少程度最高,并且与患者预后密切相关;除IFIT5外,其余调节因子之间存在复杂且密切的相互作用关系.17个与CCA患者预后相关的m7G甲基化调节基因,其中LARP1、NUDT3、SNUPN、NCBP2、EIF4E1B、NUDT11、NSUN2、EIF4A1、GEMIN5和CYFIP1的高表达与患者预后正相关,EIF4E3、WDR4、EIF4E2、NUDT4、NCBP1、EIF4E和DCP2的高表达与患者预后不良相关(P<0.05).通过对m7G甲基化分型之间取交集DEG,DEG主要富集于血管内皮细胞增殖与新生血管生成等.筛选预后相关基因,得到2个具有预后差异的m7G甲基化基因特征亚组,m7G甲基化评分高低两组分型之间差异有统计学意义,即m7G甲基化低评分组患者预后相对较好.结论 研究表明,m7G甲基化修饰异常与CCA的发生发展密切相关,并且在肿瘤调控网络的形成中起着重要作用,评估肿瘤中的m7G甲基化修饰模式将有助于指导制定更有效的治疗策略.

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DOI 10.13339/j.cnki.sglc.20240223.007
发布时间 2024-04-10(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
基金项目
国家自然科学基金(82073210)
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