换一批基于TCGA数据库构建三阴性乳腺癌预后相关的ceRNA调控网络及分析
Construction and Analysis of ceRNA Regulatory Network Related to Prognosis of Triple Negative Breast Cancer Based on TCGA Database
摘要目的 通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库构建三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)预后相关的竞争性内源性核糖核酸(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络.方法 从TCGA数据库中下载TNBC lncRNA表达RNAseq数据,对TNBC患者的mRNA,miRNA和lncRNA进行差异表达分析,并进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关性的mRNA,miRNA和lncRNA.同时构建lncRNA-miRNA-mRNA相关ceRNA调控网,再对生存相关lncRNA所相关的mRNA进一步功能富集和注释,并构建蛋白质互作网络最终用关键基因通过人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库进行验证.结果 在TCGA中共找到TNBC差异表达mRNA 2331个、差异miRNA 100个和差异lncRNA 1269个.ceRNA调控网中的mRNA在细胞黏附、唾液分泌和血小板活化、用于IgA产生的肠道免疫网络、补体和凝血级联反应等信号通路中明显富集.生存分析中,1个差异mRNA(NMUR1),1个差异表达miRNA(hsa-miR-6832-3p),2个差异表达的lncRNA(AC104809,LINC01297)的表达量均与TNBC患者的预后相关,差异具有统计学意义(P<0.05).最后利用HPA数据库对NMUR1蛋白水平和生存分析验证,NMUR1的高表达患者的总生存期显著高于NMUR1低表达组,差异有统计学意义(P<0.05).结论 成功构建了促进TNBC发生发展的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,筛选得到生存相关的差异mRNA,miRNA和lncRNA为TNBC发病机制的研究和诊疗生物标志物的探索提供参考依据.
更多相关知识
- 浏览99
- 被引2
- 下载23
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
