基于TCGA数据库分析乳腺癌组织RBP7 mRNA表达与肿瘤免疫细胞浸润及预后的相关性

Correlation of RBP7 mRNA Expression in Breast Cancer Tissues with Tumor Immune Cell Infiltration and Prognosis Based on TCGA Database

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摘要目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白 7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用.方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein at-las,HPA)数据库探索基因RBP7在乳腺癌组织中的差异表达.通过Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评估RBP7 与乳腺癌临床数据的关系.基于TCGA数据库分析RBP7 高低表达分组与不同肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性.基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)评估RBP7 在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势.结果与癌旁组织相比,乳腺癌中RBP7 mRNA表达水平下调,该分子表达在细胞核中.ROC曲线分析显示RBP7诊断乳腺癌的曲线下面积(area under curve,AUC)是 0.943(95%CI:0.926～0.960),RBP7 的最佳截断值是 6.29,敏感度和特异度分别为 82.32%,93.69%.Kaplan-Meier生存分析显示RBP7低表达与乳腺癌患者的总生存率相关(HR=0.68,95%CI:0.49～0.93,P=0.017),RBP7是乳腺癌发生的独立危险因素.Spearman相关性揭示RBP7与乳腺癌中pDC细胞和NK细胞呈正相关(r=0.290,0.253,均P<0.05),与Th2 细胞呈负相关(r=-0.217,P<0.05).GSEA表明RBP7 富集在脂肪生成、核糖体、肽配体结合受体、钙信号途径等通路中(均P<0.001).结论 RBP7 影响乳腺癌的发生发展,可能成为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点.