换一批肝癌细胞中VIPR1互作蛋白质谱分析及肝癌预后模型的构建
Mass spectrometry analysis of VIPR1 interacting protein in hepatocellular carcinoma cells and construction of prognosis model of hepatocellular carcinoma
摘要目的:寻找与血管活性肠肽受体1(vasoactive intestinal peptide receptor 1,VIPR1)相互作用的蛋白并构建肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型.方法:采用免疫共沉淀技术(Co-immunopre-cipitation,Co-IP)筛选Flag标签抗体结合的蛋白复合体,采用SDS-PAGE银染实验和Western blot进行验证,采用质谱分析(liquidchromatograph-mass spectrometer,LC-MS)获得VIPR1 的互作蛋白,采用生物信息学软件和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas project,TCGA)数据库筛选hub互作蛋白、富集分析、构建HCC预后模型并采用国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,ICGC)中LIHC数据和GSE14520 数据集作为外部数据对其预测准确性进行验证.结果:得到 196 个VIPR1 的互作蛋白,筛选出8 个关键模块共104 个hub互作蛋白,主要与细胞骨架、核糖体的功能和细胞免疫密切相关,获得7 个关键蛋白并构建了HCC预后Lasso回归模型,随后在两个外部数据集中验证了该模型在预测HCC预后方面具有可接受的准确性及临床适用性.结论:VIPR1 的互作蛋白可促进HCC发生发展,其中关键蛋白构建的HCC预后模型有良好的准确性.
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分类号
R735.7（消化系肿瘤）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1672-4992.2023.17.007
发布时间
2023-10-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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