换一批
换一批非小细胞肺癌A549中lncRNA-CCAT1上游调控序列的Myc结合模式预测
The Prediction of Myc Binding Region for lncRNA-CCAT1 Upstream Regulation in Non-small Lung Cancer Cell Line A549
摘要目的 探讨非小细胞肺癌中,原癌基因Myc调控lncRNA-CCAT1(结肠癌相关转录因子)上游序列的潜在位点.方法 通过GRh37 hg19人类基因组数据库确定调控区域,以及ENCODE数据库A549的各类ChIP-Seq数据可视化的Wig文件,通过UCSC基因组浏览器,分析Myc的调控普遍结合模式;组蛋白H3K27Ac活化位点和DNase敏感位点,发掘潜在的Myc结合区域,并使用序列匹配的方法,发现与Myc结合的E-box的特征性.结果 基因组分析表明ln-cRNA-CCAT1与Myc在染色体同一区域,且有证据表明Myc可以调控lncRNA-CCAT1.本研究通过ENCODE项目的ChIP Seq数据集联合序列匹配的方法查找预测了至少4个潜在的lncRNA-CCAT1上游转录因子结合区域,20多个可能的Myc结合位点.结论 经过对lncRNA-CCAT上游序列的查询,预测出Myc可能的调控序列,为ChIP-qPCR后续验证Myc调控lncRNA的模式提供理论支持.
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