换一批基于转录组测序技术筛选NSUN2在卵巢癌细胞的基因差异表达
Screening of gene differential expression of NSUN2 in ovarian cancer cells based on transcriptome sequenc-ing technology
摘要目的 应用RNA-seq技术研究NSUN2对卵巢癌细胞株A2780基因表达的影响,为阐明NSUN2在卵巢癌症发生发展中的作用提供理论依据.方法 慢病毒介导的RNA干扰技术抑制A2780细胞中NSUN2的表达.以转染空载体的细胞为对照,使用RNA-seq技术对干扰细胞株进行基因谱高通量测序分析,筛选出差异表达的基因.并通过KEGG Pathway、GO分析和GSEA富集分析,探索NSUN2调控的差异基因主要参与的相关信号通路和生物学过程.结果 与对照组细胞相比,NSUN2敲低的A2780细胞株有1642个差异表达的基因,其中上调基因有1020个,下调基因有622个;通过GO分析、KEGG Pathway和GSEA富集分析发现差异表达基因主要富集在hedgehog信号通路、P53等信号通路上,参与了病毒转录、翻译起始和调节等生物过程;通过对P53信号通路的相关基因进一步分析,筛选出与改通路相关的3个关键基因(ZMAT3、EI24和CCND2),RT-qPCR验证其表达结果与测序结果相符.结论 A2780 sh-NSUN2组与A2780 sh-NC组的基因表达谱间存在明显的差异,其差异基因主要富集于P53信号通路.在卵巢癌中NSUN2可能通过调控P53信号通路相关因子的表达,从而调控了卵巢癌的发生发展.
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