新型冠状病毒亚基因组RNA检测方法的建立及性能评估

Establishment and performance evaluation of subgenomic RNA detection methods for the 2019 novel coro-navirus

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摘要目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估.方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法,对所建立的方法进行优化,包括引物、探针的浓度及比例、延伸温度、反应体积和模板量.并对所建立的方法进行性能评估,包括最低检测限、灵敏度、特异性和重复性.对临床样本进行新冠病毒sgRNA和基因组RNA(genomic RNA,gRNA)检测,并对检测结果进行分析.结果建立了检测新冠病毒sgRNA的RT-PCR方法.所建方法的最低检测限为100 copies/mL,对常见病原体的检测结果均为阴性.对高、中、低浓度样本sgRNA进行检测,CV均<5%.115例疑似新冠病毒感染者的咽拭子样本sgRNA为阳性(115/330,阳性率为34.85%).gRNA-N Ct值<30时,sgRNA-N的阳性率为100.00%;gRNA-N的 Ct值介于30～32时,sgRNA-N的阳性率为68.75%;gRNA-N的 Ct值介于32～35时,sgRNA-N的阳性率为44.44%;gRNA-N的Ct值>35时,sgRNA-N均为阴性.结论建立了新冠病毒sgRNA的RT-PCR检测方法,方法灵敏、特异、重复性好.