换一批7种豆科药用植物叶绿体基因组比较及系统发育研究
Chloroplast Genome Comparison and Phylogenetic Study of Seven Leguminous Medicinal Plants
摘要为研究豆科药用植物叶绿体基因组特征,为物种鉴定和系统进化发育等研究奠定理论基础.本研究通过利用CodonW、EM-BOSS、MEGA、R 等生物信息学及统计分析软件鉴定叶绿体基因组密码子使用偏好性,利用IRscope、mVISTA、Dna SP进行叶绿体基因组比较分析,利用MEGA构建系统发育树,揭示大豆等7种豆科药用植物叶绿体基因组特征及系统发育关系.结果表明,ENC值为48.96～52.96,均大于35,密码子偏好性较弱;GC总含量范围为34.6％～36.4％,均小于40％,具有明显的A/U偏好性,说明主要受自然选择影响,GC含量在不同位置分布不同,GC1＞GC2＞GC3,密码子第3位碱基以A/U为主.通过中性绘图、ENC-plot及PR2-plot分析,发现密码子使用偏好性的主要影响因素是自然选择.IR区域遗传多样性远低于LSC和SSC区域.IR4个边界区的过渡区域有多样性,密花豆和大豆叶绿体的区域长度及边界较为保守,其余5个物种之间叶绿体的区域边界之间存在较大差异.系统发育分析结果显示,皂荚与山豆根聚为一支,其余物种聚为一支,与叶绿体IR区边界扩张和收缩的分析结果不完全一致.结合叶绿体基因组序列及结构综合进行系统发育分析,有助于进一步理解不同豆科植物的进化和适应机制.
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关键词
药用植物豆科叶绿体基因组密码子偏好性系统进化medicinal plantsleguminosaechloroplast genomecodon preferencephyloevolution
分类号
R567（呼吸系及胸部疾病）
栏目名称
DOI
10.16720/j.cnki.tcyj.2025.140
发布时间
2025-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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