换一批采用生物信息学挖掘胶质母细胞瘤核心基因及对患者生存预后的分析
Data Mining in Bioinformatics of Core Gene of Glioblastoma and Analysis of Its Survival Prognosis
摘要目的 分析胶质母细胞瘤(glioblastoma ,GBM )核心基因及其相关信号通路,为GBM早期诊断、分子治疗及预后评价提供候选靶点.方法 检索、整理TCGA数据库中神经胶质母细胞瘤的表达谱芯片RNA-seq Level-3数据,利用R软件中edgeR包筛选具有显著表达差异的基因(differentially expressed genes ,DEGs).运用DAVID数据库对DEGs进行GO注释和KEGG富集分析;利用STRING网络在线工具进一步建立蛋白互作网络(PPI)并进行Cytoscape可视化分析,运用网络分析插件CytoHubba筛选核心基因(hub gene);最后,结合R2数据库分析TP53 、WNT5A 、VAMP8等核心基因的表达与GBM生存预后的关系.结果 TCGA数据库分析显示GBM中显著表达差异的基因共10144个,其中表达上调基因5153个,表达下调基因4991个;GO和KEGG 富集分析显示,表达上调基因主要涉及细胞周期、有丝分裂、细胞增殖和p53等生物学功能和通路,表达下调基因的功能与通路主要富集于突触传递、神经递质释放和MAPK信号通路等;Cytoscape可视化显示PPI网络中12个核心基因表达异常与GBM 的发生发展密切相关. R2数据库检索发现TP53 、WNT5A 、VAMP8高表达组患者预后更差;SH3GL2高表达组患者生存明显优于低表达组.结论 差异基因所富集的生物学功能和KEGG信号通路可能揭示了参与 GBM发生发展的分子机制,其核心基因TP53 、WNT5A 、VAMP8 、SH3GL2有望作为GBM患者早期诊断、治疗及预后判断的重要靶点.
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分类号
R739.41（神经系肿瘤）
栏目名称
DOI
10.3870/j.issn.1672-0741.2018.03.001
发布时间
2018-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金资助项目（(81772680)）
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