换一批直肠拭子与粪便取样两种途径采集的标本中肠道微生物群组成及功能对比分析
Comparative Analysis of Gut Microbiota Composition and Functionality from Rectal Swab versus Fecal Samples
摘要目的 通过对比分析来自健康受试者匹配的直肠拭子和粪便取样标本的微生物群,探讨直肠拭子是否可以作为肠道微生物群研究中可靠的替代粪便取样的标本采集方法.方法 纳入15名健康女性受试者,同时获取其直肠拭子和粪便取样标本;采用16S rRNA的V3～V4高变区基因进行DNA测序,并经生物信息学分析对比两组采集方法所获标本在微生物群组成、多样性、丰度及功能上的差异.结果 直肠拭子获取标本所提取的DNA浓度明显低于粪便取样标本[8.0(6.4,9.4)vs.112.1(82.6,150.0)ng/μL,P＜0.001],但两种方法采集得到的标本在测序数据读长、扩增子序列变异总数上并无差异(均P＞0.05).生物信息学分析结果显示,直肠拭子与粪便取样两组标本在微生物群组成及差异分析上无显著差异(均P＞0.05);两组标本在α多样性指标(Shannon指数[3.392(3.465,3.332)vs.2.793(2.660,3.009),P=0.064);Simpson 指数[0.070(0.062,0.088)vs.0.126(0.100,0.188),P=0.253])、β 多样性指标[加权 Uni-Frac距离(P=0.700)]的差异均无统计学意义.此外,直肠拭子与粪便取样两组标本微生物群在COG功能注释和KEGG level 1、level 2生物学通路上也未显示出差异(均P＞0.05).结论 直肠拭子获取的标本在肠道微生物群组成、多样性及功能上与粪便取样标本具有高度一致性,可作为粪便取样的替代采集方法用于肠道微生物群研究.
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关键词
肠道微生物群直肠拭子粪便标本取样方法组成分析多样性分析gut microbiotarectal swabfecal samplesspecimen handlingtaxonomic profilingdiversity analy-sis
分类号
R711（妇科学）
栏目名称
DOI
10.3870/j.issn.1672-0741.24.12.033
发布时间
2025-11-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家重点研发计划（No.2023YFC2705400）
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