换一批MeDIP-Seq检测大鼠不同状态雪旺细胞基因甲基化水平
The different gene methylation levels of rat Schwann cells detected by MeDIP-Seq
摘要目的：探寻大鼠正常态雪旺细胞（NSCs）和激活态雪旺细胞（ASCs）差异甲基化基因。方法成年Wistar大鼠结扎坐骨神经，饲养7 d后分别从坐骨神经和臂丛神经提取ASCs和NSCs。S-100抗体免疫荧光染色鉴定细胞，CCK-8法测定细胞生长情况。甲基化免疫共沉淀测序（MeDIP-Seq）技术筛选出ASCs和NSCs的差异性甲基化区域；分析与轴突再生相关的差异甲基化基因在染色体的分布情况，并进行基因本体（GO）和信号通路（PATHWAY）分析。结果成功获得了高纯度的ASCs和NSCs，两者S-100均表达阳性。在相同培养条件下，ASCs生长速度更快。MeDIP-Seq共发现177176个差异性甲基化区域，其中位于启动子（≤1 kb）内1097个、启动子（1~2 kb）内1136个，CpG岛内567个。共获得214个与轴突再生相关的差异甲基化基因，与NSCs相比，ASCs高甲基化基因191个，低甲基化基因23个。这些基因位于各个染色体上，以12号染色体上最多（22个），M染色体最少（2个）。GO分析结果显示差异甲基化基因涉及了轴突生长、轴突形成、轴突延伸和轴突导向等过程；并且与MAPK、细胞黏附分子和Ras等信号通路有关。结论 ASCs和NSCs的甲基化水平存在明显的差异，可能与轴突再生有关。
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关键词
DNA甲基化大鼠,Wistar神经元轴突计算生物学激活态雪旺细胞正常态雪旺细胞甲基化免疫共沉淀测序DNA methylationrats,Wistarneuronsaxonscomputational biologyactivated schwann cellsnormal schwann cellsmethylated DNA immunoprecipitation sequencing
分类号
R338.1
栏目名称
DOI
10.11958/20161211
发布时间
2017-03-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金重点资助项目(81330042)（14ZCZDSY00044，13RCGFSY19000）；
国家科技部中俄合作专项项目(2014DFR31210)； 国家自然科学基金国际合作与交流项目(81620108018)； 国家自然科学基金面上资助项目(81371957)； 天津市科委重点项目
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