换一批基于基因芯片探索鼻咽癌的分子靶标
Identify the molecular target of nasopharyngeal carcinoma by bioinformatics analysis
摘要目的 在分子水平探索鼻咽癌的发病机制,筛选鼻咽癌诊断或治疗的潜在分子靶标.方法 在GEO公共数据库中下载编号为GSE12452和GSE13597的基因芯片数据(包含鼻咽癌和对照鼻炎黏膜组织数据),利用R编程语言的相关工具包对原始芯片数据进行预处理和差异表达基因的筛选.利用DAVID数据库对差异表达基因进行基因GO功能分析和KEGG信号通路分析.取我院鼻咽癌石蜡标本和对照鼻炎黏膜组织新鲜标本各5例,利用real-time PCR和Western blot分别检测18个细胞周期相关基因和4种蛋白在两组织中的表达,进一步验证基因芯片的结果.结果 生物信息学分析得到了260个差异表达基因,涉及16个GO条目和4条信号通路.18个细胞周期相关的基因中,real-time PCR和Western blot进一步确定鼻咽癌组织中有12个基因在mRNA水平表达上调,4个基因在蛋白水平表达上调.结论 通过对两套鼻咽癌表达谱芯片数据的综合生物信息学分析与分子生物学验证,发现CDC6、CDK1、MCM2和CCNB1这4个可能是鼻咽癌恶性进展相关的关键基因,可作为潜在靶点作进一步的功能研究.
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关键词
鼻咽肿瘤细胞周期寡核苷酸序列分析计算生物学鼻咽癌GEO数据库DAVID数据库nasopharyngeal neoplasmscell cycleoligonucleotide array sequence analysiscomputational biologynasopharyngeal carcinomaGene Expression Omnibus databaseDAVID database
医学主题词
鼻咽肿瘤(Nasopharyngeal Neoplasms)基因(Genes)数据库(Database)细胞周期(Cell Cycle)计算生物学(Computational Biology)
分类号
R739.6（耳鼻咽喉肿瘤）
栏目名称
DOI
10.11958/20171427
发布时间
2018-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
天津市科技计划（16KPXMSF00170）
天津医科大学总医院青年孵育基金（ZYYFY2017006）
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