换一批基于GEO基因数据集的酒精性肝炎差异表达基因生物信息学分析
Bioinformatics analysis of differentially expressed genes in alcoholic hepatitis based on GEO gene dataset
摘要目的 利用数据库挖掘寻找调控酒精性肝炎的靶点基因以及基因的调控网络,以期探索酒精性肝炎治疗新方向,对减轻疾病负担提供新思路.方法 检索 GEO数据库,从中获取酒精性肝炎相关表达数据集 GSE143318 和 GSE167308,筛选两个数据集共有的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并用GSE28619 基因芯片进行验证.利用生物信息学方法,对DEGs进行分析,研究调控 DEGs的非编码 RNAs.结果 两组数据集筛查出 DEGs共 261 个,GO功能分析主要在类固醇代谢、炎症反应、脂质代谢等 7 个生物学过程,细胞膜及细胞外基质的 6 个细胞组分,还有与肝素结合、生长因子、蛋白酶抑制剂、金属蛋白酶、氧化还原酶等 11 个分子功能.KEGG显示,这些 DEGs主要富集在类固醇激素生物合成、视黄醇代谢、细胞色素 P450 的代谢、细胞外基质受体的相互作用、胆固醇代谢及 PPAR信号通路.通过在 PPI网络中运用不同算法以及 GSE28619 芯片验证,共筛选出 6 个核心差异基因,分别为 SPP1、THBS2、CYP1A1、EPCAM、CXCL8、KRT19.miR-466 表现出与 DEGs 密切的相关性.结论 酒精性肝炎中的DEGs与疾病的发生发展相关,生物信息学技术的方法为更深入研究酒精性肝炎的发病机制和治疗靶点提供新的思路.
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分类号
R575（消化系及腹部疾病）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1006-5709.2024.10.005
发布时间
2024-10-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
中国中医科学院科技创新工程项目（CI2021A00801）
中国中医科学院科技创新工程项目（CI2021A00802）
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