换一批糜子叶绿体基因组密码子使用偏性的分析
Analysis of codon usage in the chloroplast genome of Broomcorn millet (Panicum miliaceum L.)
摘要密码子使用偏性(CUB)是生物体重要的进化特征,对研究物种进化、基因功能以及外源基因表达等具有重要科学意义.本研究利用糜予(Panicum miliaceum L.)叶绿体基因组中筛选出的53条蛋白编码序列,对其密码子使用模式及偏性进行了分析.结果表明,糜子叶绿体基因的有效密码子数(ENC)在37.14 ～ 61之间,多数密码子的偏性较弱.相对同义密码子使用度(RSCU)分析发现,RSCU＞1的密码子有32个,其中28个以A、U结尾,表明第3位密码子偏好使用A和U碱基.中性分析发现,GC3与GC12的相关性不显著,回归曲线斜率为0.2129,表明密码子偏性主要受到自然选择的影响;而ENC-plot分析发现大部分基因落在曲线的上方及周围,表明突变也影响了密码子偏性的形成.进一步的对应性分析发现,第1轴为主要影响因素,解释了17.92％的差异,其与ENC、GC3s值的相关性均达到显著水平,但与CBI、GCall不相关.最后,9个密码子被鉴定为糜子叶绿体基因组的最优密码子,糜子叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受选择和突变共同作用.
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分类号
Q346+.4（遗传学分支学科）
栏目名称
DOI
10.11913/PSJ.2095-0837.2017.30362
发布时间
2017-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金项目（(31401373)）
西北农林科技大学基本科研业务费专项资金项目（(2452015003)）
This work was supported by grants from the National Natural Science Foundation of China（(31401373)）
Fundamental Research Funds for the Northwest Agriculture and Forestry University（(2452015003)）
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