换一批
换一批毛竹萜类合成酶基因家族序列鉴定与表达分析
Genome-wide identification and expression analysis of TPS genes in moso bamboo (Phyllostachys edulis)
摘要通过生物信息学方法, 对毛竹 (Phyllostachys edulis (Carrière) J.Houzeau) TPS基因家族的成员进行鉴定, 并对其编码蛋白的理化性质、基因结构、进化关系、蛋白结构、启动子元件及表达模式进行了分析.结果表明, 毛竹全基因组含有14个TPS候选基因, 大小为693～2439 bp.编码蛋白等电点为5.08～8.17.系统发育分析结果显示, 毛竹含有TPS-a、TPS-b、TPS-e/f、和TPS-g 4个亚家族, 成员数目分别为6、5、2、1个.TPS蛋白质二级结构中, α-螺旋和无规则卷曲所占比重较大;毛竹TPS基因家族各成员蛋白三维结构比较相似.基因启动子分析共获得50个调控元件, 可分为6大类, 其中光响应相关元件数量最多, 共包含17个顺式调控元件.基于转录组测序数据构建的基因表达谱热图分析结果表明, Pe TPS在叶、花和笋等7个组织中的表达差异明显, 表现出组织特异性, 其中Pe TPS9仅在早花期花序中表达, Pe TPS8仅在叶中表达.
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关键词
毛竹萜类合成酶进化分析表达模式Phyllostachys edulisTerpene synthasePhylogenetic analysisExpression pattern analysis
分类号
Q943.2
栏目名称
遗传与育种
DOI
10.11913/PSJ.2095-0837.2018.40575
发布时间
2018-10-17
基金项目
国家科技支撑计划项目 (2015BAD04B01). This work was supported by a grant from the National Key Technology Research and Development Program
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