换一批
换一批千穗谷MTP基因家族生信分析及镉胁迫下的表达特征
Bioinformatics analysis of the MTP gene family in Amaranthus hypochon-driacus L.and expression characteristics under cadmium stress
摘要MTP(Metal tolerance protein)又称CDF(Cation diffusion facilitator),是与金属离子转运相关的一类蛋白.为了研究千穗谷(Amaranthus hypochondriacus L.)MTP基因家族的序列特征和进化关系,预测其不同成员的功能和调控机制,我们以最新的千穗谷基因组为参考,鉴定出 9个 MTP家族成员,分为 Zn-CDF(3个)、Zn/Fe-CDF(4个)、Mn-CDF(4个)3个亚族.所有家族成员均具有MTP转运蛋白的典型结构域Cation_efflux,部分成员还包含1个ZT_dimer结构域.染色体定位显示,9个MTP基因分布在7条染色体上.Cd胁迫下,AhMTP7和AhMTP9在根和叶中的表达均被抑制,AhMTP6在叶中被抑制,在根中却被诱导;其余 6个MTP基因均受Cd诱导表达,AhMTP2、AhMTP3仅在叶中被诱导,AhMTP5仅在根中被诱导.顺式作用元件分析结果显示,AhMTP启动子中存在多个逆境响应、生长发育和激素信号的顺式作用元件.miRNA预测分析结果表明,15个miRNA靶向7个AhMTP成员.
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