换一批人冠状病毒HKU1 Spike蛋白受体结合域结构预测
Structure prediction of spike protein receptor-binding domain of human coronavirus HKU1
摘要[目的]探索人冠状病毒HKU1(human HKU1 coronavirus,hHKU1-CoV)Spike蛋白受体结合域(receptor binding domain,RBD)蛋白结构.[方法]利用已经发表的hHKU1-CoV Spike基因序列,通过蛋白建模获得该冠状病毒Spike空间结构,运用PDBsum平台进行蛋白结构分析.[结果]人冠状病毒HKU1-CoV Spike氨基酸序列(No.AGW27881.1) 535 ～673位可能存在RBD,二级结构显示该区域共有4个β折叠股、6个α螺旋,2个β-α-β单元.蛋白质空间结构分析显示RBD可分为核心区和Loop区.核心区由2个平行的β折叠股和4个α螺旋顺序链接组成,Loop区位于核心区外围,由ASN589-PRO673之间氨基酸构成1个含有3个边缘的柔性区域和2个反向平行的β折叠共同组成的腔隙结构,该区域可能是hHKU1-CoV与宿主受体作用的关键部位.[结论]hHKU1-CoV Spike蛋白与宿主受体作用的关键部位可能位于SER606～PRO673,这与已知结构的β冠状病毒相同区域在Loop区存在差异,但冠状病毒受体尚需进一步探索.
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关键词
蛋白质结构预测同源建模穿线法人冠状病毒HKU1Spike蛋白受体结合域Protein structure predictionHomologous modelingThreading methodhHKU1-CoVSpike proteinReceptor-binding domain
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发布时间
2016-07-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
武警后勤学院博士启动基金（WHB201208）
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