换一批苯磺酰胺从碳酸酐酶II中脱离过程的分子动力学模拟
Molecular Dynamics Simulations of the Unbinding of Phenylsulfonamide from Carbonic Anhydrase II
摘要综合运用分子动力学模拟和自由能计算方法研究了苯磺酰胺分子从碳酸酐酶II (CA II)的活性位点脱离过程中底物与酶之间的动态相互作用.脱离过程的平均力势(PMF)显示,底物脱离时存在一个特殊的结合状态.其中,静电相互作用占据了主导地位.轨迹分析显示,除了金属离子的配位作用之外,底物脱离路径上的关键残基Leu198、Thr199和Thr200通过与底物磺胺基的氢键作用阻碍了底物从酶中的脱离.当前的研究对于深入认识磺胺类药物与CA II的详细结合过程和相关的药物改良与设计具有重要的指导意义.
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关键词
分子动力学模拟自由能苯磺酰胺碳酸酐酶II底物结合Molecular dynamics simulationFree energyPhenylsulfonamideCarbonic anhydrase IISubstrate?s binding
分类号
O641
DOI
10.3866/PKU.WHXB201301183
发布时间
2013-05-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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