换一批摘要酶催化包括底物到活性区的输运、选择催化化学反应及产物释放等复杂过程,由于复杂的蛋白质环境效应,任一化学和非化学过程都有可能是决定酶活性的关键步骤.为了全面认识酶催化活性,我们对几类酶催化过程进行了广泛的组合量子/分子力学(QM/MM)和经典分子力学(MM)动力学模拟(MD)研究,详细地讨论了整个酶催化过程的分子机制、关键残基的作用和蛋白质环境效应,丰富了对酶催化活性的认识.随着多尺度模型和计算模拟方法的进一步完善与发展,有望实现超大复杂生物酶催化过程的全程模拟研究,为酶工程领域的相关研究提供支持.
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关键词
酶催化底物输运自由能计算QM/MM MD模拟随机加速动力学模拟Enzymatic catalysisSubstrate deliveryFree energy calculationsQM/MM MD simulationRandom acceleration molecular dynamics (DAMD) simulation
分类号
O641
栏目名称
DOI
10.3866/PKU.WHXB201612191
发布时间
2017-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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