换一批
换一批谷氨酸棒杆菌不同生长时期非编码sRNA的预测与鉴定
Prediction and identification of non-coding sRNAs in Corynebacterium glutamicum at different growth stages
摘要[目的]探究与挖掘不同生长时期谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)中潜在的小的非编码RNA(small non-coding RNA,sRNA).[方法]检测不同时期和不同工业改造的谷氨酸棒杆菌菌株的RNA-Seq数据构建表达文库,通过sRNA-Detect和APERO两种方法构建潜在的sRNA数据库.以逆转录PCR检测(real-time reverse transcription PCR,RT-PCR)方法检测sRNA的表达,并通过生物信息学方法分析潜在sRNA的调控位点、二级结构及保守结构域.[结果]构建了包含2 653条潜在sRNA的数据库,依据其相较于编码序列(coding sequence,CDS)区域的位置进行分类、预测功能.发现了在高GC革兰氏阳性菌中普遍存在的sRNA00130,随生长时期表达量变化的sRNA00257,常时高表达的sRNA02036、sRNA02037等sRNA.依据自由结合能预测潜在sRNA可能的结合位点、二级结构,预测结果显示潜在的sRNAs同多种细胞复制、代谢通路基因相关.大多数潜在sRNA仅在谷氨酸棒杆菌中具有保守性.[结论]谷氨酸棒杆菌潜在sRNA的发掘对于填补谷氨酸棒杆菌生长调控机制的空缺具有重要作用,提供了新的可能的调控工具与改造位点.
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关键词
谷氨酸棒杆菌小的非编码RNA(sRNA)生物信息学全基因组分析sRNA-DetectCorynebacterium glutamicumsmall non-coding RNAs(sRNA)bioinformaticsgenome-wide analysissRNA-Detect
栏目名称
研究报告
DOI
10.13343/j.cnki.wsxb.20230109
发布时间
2024-03-18
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