换一批基于AlphaFold2和分子对接探讨非还原型聚酮合酶的碳甲基化程序
C-methylation programming of non-reducing polyketide synthases:based on AlphaFold 2 and molecular docking
摘要[目的]探讨非还原型聚酮合酶(non-reducing polyketide synthase,NR-Pks)的碳甲基化程序差异的原因.[方法]以红色红曲菌(Monascus ruber)M7 中红曲色素和桔霉素的NR-Pks为研究对象,采用生物信息学方法和AlphaFold 2 软件,分析了这两种NR-Pks及其各结构域的序列和结构差异.再基于分子对接等技术,比较了它们的碳甲基转移酶结构域(C-methyltransferase domain,CMeT)分别与其他结构域及其中间产物的结合特征.[结果]两种NR-Pks各结构域的序列和结构相似性高,但其整体结构差异大,表明碳甲基化差异可能源于结构域互作差异.进一步分析发现,桔霉素 Pks 的 CMeT 比红曲色素 Pks 的更容易结合携带底物的酰基载体蛋白结构域(acyl carrier protein,ACP),使其中间产物更容易受到 CMeT 催化.CMeT 和 β-酮酰基合成酶结构域(β-ketosynthase domain,KS)相比,与甲基受体底物的结合自由能更低.[结论]NR-Pks中的CMeT能通过与 KS竞争,从而影响其产物的碳甲基化程度.研究结果为 Pks的碳甲基化程序研究提供了新思路.
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关键词
非还原型聚酮合酶红曲菌碳甲基转移酶AlphaFold2分子对接non-reducing polyketide synthaseMonascus spp.C-methyltransferaseAlphaFold 2molecular docking
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DOI
10.13343/j.cnki.wsxb.20230338
发布时间
2024-03-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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