换一批一株嗜酸硫杆菌M4-422-6的分离及其全基因组测序和比较基因组学分析
Isolation,whole genome sequencing,and comparative genomic analysis of Acidithiobacillus strain M4-422-6
摘要[目的]开展具有硫氧化能力的嗜酸硫杆菌属(Acidithiobacillus)的分离及其比较基因组学分析,不仅可以丰富硫氧化细菌菌种资源,而且有助于加深理解嗜酸硫杆菌的分子进化与生态适应机制.[方法]利用以硫代硫酸钠为唯一能源的培养基分离具有硫氧化能力的细菌;利用Illumina HiSeq X和Oxford Nanopore测序平台对一株嗜酸硫杆菌M4-422-6进行全基因组测序;利用相关生物信息学分析软件对原始数据进行组装和基因组注释,并与一株亲缘关系最近的菌株Igneacidithiobacillus copahuensis VAN18-1进行比较基因组学分析.[结果]分离获得一株具有硫氧化能力的嗜酸硫杆菌M4-422-6.基因组注释结果显示,菌株M4-422-6基因组由1个染色体和2个质粒组成,基因组大小为2 917 823 bp,G+C含量为58.54％,共编码2 925个蛋白.16S rRNA基因和基因组系统发育树显示,菌株M4-422-6代表嗜酸硫杆菌属的一个潜在新种.功能基因注释结果显示,菌株Acidithiobacillus sp.M4-422-6拥有与菌株特性相关的众多基因,包括硫氧化相关基因、CO2固定相关基因和耐酸相关基因.比较基因组学分析发现,虽然菌株 M4-422-6与VAN18-1的亲缘关系最近,但两者仍拥有众多的差异基因,主要包括噬菌体抗性相关基因和移动元件编码基因.[结论]菌株M4-422-6代表嗜酸硫杆菌属的一个潜在新种,该菌株具有同种内菌株所不具有的特有基因,并据此推测嗜酸硫杆菌种内分化可归因于对特定生态位的适应.
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关键词
硫氧化细菌嗜酸硫杆菌基因组测序比较基因组学分析sulfur-oxidizing bacteriaAcidithiobacillusgenome sequencingcomparative genomic analysis
栏目名称
DOI
10.13343/j.cnki.wsxb.20230699
发布时间
2024-11-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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