两株侵染寡养单胞菌噬菌体的生物学特性及全基因组分析
Biological characteristics and genome sequences of two bacteriophage strains infecting Stenotrophomonas indicatrix
摘要[目的]寡养单胞菌(Stenotrophomonas)对植物和水体藻类具有促生效果,但目前关于寡养单胞菌噬菌体的相关研究报道较少.本研究从水体中分离侵染寡养单胞菌的噬菌体,并对其生物学及基因组特征进行研究,有助于加强对寡养单胞菌及其噬菌体生态功能的理解.[方法]以蓝藻附生细菌指示器寡养单胞菌(S.indicatrix)EB12 为宿主,采用双层平板法从湖水中分离噬菌体,并对其生物学特性、全基因组序列特征、基因功能注释、系统进化及蛋白质结构进行分析.[结果]透射电镜显示,分离获得的 2 株噬菌体Ste-X和Ste-D均为短尾噬菌体;其潜伏期均为20 min;最佳感染复数分别为 1 000 和 10;裂解量分别为 28.8 PFU/cell和 131.1 PFU/cell;温度耐受范围分别为 20-60℃和 20-70℃;pH耐受范围分别为pH 4.0-13.0 和pH 3.0-12.0;在紫外照射下,Ste-X和Ste-D分别于 60 min和 120 min后失活,且宿主范围较窄;2 株噬菌体的基因组长度均为 39 429 bp,G+C含量分别为 57.80%和 57.85%,均含有 65 个开放阅读框(open reading frame,ORF),2 株噬菌体仅含 3 个差异碱基,但与其他噬菌体的同源性较低,均为新的短尾噬菌体.对差异碱基所在的开放阅读框ORF34 和ORF52 所编码的蛋白质结构进行预测分析,结果显示,ORF34 编码的蛋白质均为酸性、稳定的亲水蛋白,均含有ChtBD3 和PHA00661 这 2 个保守结构域,其空间结构以无规则卷曲为主;ORF52 编码的蛋白质均为碱性、不稳定的亲水蛋白,无保守结构域,空间结构以α螺旋为主.[结论]从水体中分离得到 2 株全基因组高度相似但生物学特性明显不同的新型短尾噬菌体.
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