氨氮降解菌Paraburkholderia fungorum Gan-35的基因组分析

Genome Analysis of Ammonia Nitrogen-Degradable Bacterium Paraburkholderia fungorum Gan-35

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摘要为揭示赣南稀土矿山废弃地氨氮降解菌Gan-35的遗传背景,采用Illumina测序技术和生物信息学方法对Gan-35的基因组进行分析.获得了Gan-35的基因组草图序列.序列组装后得到49个scaffold,包含两条质粒序列,基因组大小为8.35 Mbp,GC含量为62.0％.Gan-35含有7 519个基因,这些基因在GO注释中主要富集于"binding""catalytic"等.KEGG注释显示,"ABC transporters"富集的基因最多.在Gan-35基因组中预测出457条串联重复序列、8个rRNA基因和54个tRNA基因,包括与硒代半胱氨酸对应的tRNA基因.Gan-35与Paraburkholderia fungorum BAA-463具有良好的基因组共线性关系.Gan-35基因组与其他基因组比较,有少量COG分类富集的基因数目出现显著差异.基于分析结果,将Gan-35的物种名称重新确定为Para-burkholderia fungorum Gan-35.从Gan-35基因组中鉴定出反硝化脱氮途径的硝酸盐还原酶基因和亚硝酸盐还原酶基因,并进行了验证.此外,还鉴定出氨同化作用的关键酶基因,但未找到硝化途径的主要酶基因.对Gan-35基因组的全面分析有助于后续深入研究氨氮降解机制和解决水产养殖中的氨氮污染问题.

作者 洪跃辉 ^[1] 冯爱娟 ^[2] 张洪瑕 ^[3] 吕锦慧 ^[3] 梁建林 ^[3] 王江海 ^[4] 学术成果认领

作者单位 广东江门中医药职业学院江门市中药成分及其作用机制重点实验室,广东江门 529000 ^[1] 广东轻工职业技术学院食品与生物技术学院,广东广州 510300 ^[2] 广东江门中医药职业学院护理临床学院,广东江门 529000 ^[3] 中山大学海洋科学学院,广东珠海 519082;中山大学广东省海洋资源与近岸工程重点实验室,广东珠海 519082 ^[4]