换一批
换一批淡紫灰链霉菌BP39基因组密码子使用偏好性分析
Analyses of Codon Usage Bias in the Genomic Codon of Streptomyces lavendulae BP39
摘要淡紫灰链霉菌(Streptomyces lavendulae)BP39是一株具有广谱杀菌性能的生防菌.为探讨菌株BP39基因组密码子的偏好性,本研究基于菌株BP39的6356条编码序列,利用CodonW软件,计算其GC含量、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)等偏好性参数.结果表明,菌株BP39基因组密码子具有较强的偏好性,PR2-plot分析、ENC-plot曲线与中性绘图分析显示,基因组密码子使用模式受到选择压力和突变压力等多重因素影响,以自然选择压力为主导;从64个密码子中鉴定出20个最优密码子,均以C或G结尾,其中以C结尾占75％;相关性分析揭示,基因组碱基组成影响密码子偏好性,且同义密码子第3位碱基组成直接影响最优密码子使用偏性,最优密码子的基因高表达与密码子第3位C关系密切.研究结果为菌株BP39基因工程改造及外源基因表达提供参考.
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分类号
Q933
栏目名称
研究报告
DOI
10.3969/j.issn.1005-7021.2024.06.009
发布时间
2025-02-18
基金项目
江西省重点研发计划重点项目
农业部功能食品重点实验室开放基金项目
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